Overheden grijpen de keurmerken aan om hun invloed te vergroten. Zo kunnen zij door instelling van een keurmerk boeren een gewenste richting opsturen, zonder meteen met een wet of subsidie te hoeven komen.
Daarnaast worden eco-keurmerken gebruikt voor handelspolitieke doeleinden. Sommige ecologische producten van buiten de Europese Unie worden in het ene EU-land wel en in het andere niet toegelaten, hoewel de producten exact gelijk zijn. Producten die in een land nodig zijn, krijgen zo een keurmerk. Voor producten die ook in een bepaald land zelf geproduceerd worden ligt dat een stuk moeilijker.
Zo heeft de Franse overheid een eco-keurmerk ingevoerd dat tal van eisen stelt waar buitenlandse producenten moeilijk aan kunnen voldoen.
Daarnaast komen er steeds meer “keurmerken” van bedrijven die van het succes van de eco-beweging met haar keurmerken willen profiteren. Deze nieuwe waarmerken, van ‘vogelvriendelijk geproduceerd’ tot ‘koffie in de schaduw geteeld’ (niet alle bomen zijn dus gerooid) worden vooral geintroduceerd om de consument te verwarren en zo het eigen marktaandeel tegen de eco-producten te beschermen.
Een andere bedreiging voor de ecologische landbouw is dat overheden pogen de normen voor echt ecologisch voedsel nog aan te scherpen, om zo ruimte te scheppen voor een nieuw keurmerk voor boeren die weliswaar niet helemaal op ecologische landbouw overstappen, maar wel milieuvriendelijker gaan werken. Daarmee wordt de ruimte en dus de markt voor het ecologische product aanmerkelijk verkleind.