Het belastingvoordeel van de innovatiebox komt nauwelijks bij kleinere bedrijven terecht. Volgens onderzoek van Het Financieele Dagblad gaat 91% van het jaarlijkse voordeel van €2,9 miljard naar drie bedrijven: ASML, Booking.com en MSD. De tien grootste gebruikers ontvangen samen zelfs circa 95%. Ongeveer 2.700 andere bedrijven verdelen de resterende €150 miljoen. Dat opvallende beeld is verklaarbaar doordat de innovatiebox geen subsidie is voor het ontwikkelen van een nieuw idee. De regeling beloont bedrijven pas wanneer een innovatie winstgevend is. Winst die aan een zelf ontwikkelde innovatie kan worden toegerekend, wordt effectief tegen 9% belast in plaats van tegen het normale tarief van de vennootschapsbelasting.

Een onderneming die jarenlang ontwikkelt, verlies maakt of nog nauwelijks omzet heeft, ontvangt dus weinig of niets. The winner takes it all lijkt hier van toepassing. Maar ook: wie veel belasting betaalt, kan ook veel belastingvoordeel krijgen. Het kabinet onderzoekt inmiddels hoe de innovatiebox aantrekkelijker kan worden voor het mkb. Maar ondernemers hebben nu al goede kansen om ook te kunnen profiteren van subsidies voor innovatie en duurzaamheid.

Kansen in WBSO

Voor de meeste mkb-bedrijven is de WBSO belangrijker dan de innovatiebox. Deze Wet Bevordering Speur- en Ontwikkelingswerk is een fiscale stimuleringsregeling waarmee de overheid de loonkosten en andere uitgaven voor technische innovatie en R&D verlaagt. Het voordeel wordt verrekend als korting op de af te dragen loonheffing of inkomstenbelasting Deze regeling ondersteunt het onderzoek en de ontwikkeling zelf, dus juist in de fase waarin kosten worden gemaakt en inkomsten nog onzeker zijn. In 2025 maakten bijna 19.000 bedrijven gebruik van de WBSO. Daarvan behoorde 97% tot het mkb. Het budget is in 2026 verhoogd van €1,6 miljard naar €1,8 miljard. Het voordeel bedraagt in 2026 36% over de eerste €391.020 aan loonkosten en andere kosten voor speur- en ontwikkelingswerk. Voor starters geldt in deze eerste schijf zelfs 50% voordeel. Boven de schijfgrens bedraagt het voordeel 16%.

De WBSO is breder dan veel ondernemers denken. Ook de ontwikkeling van software, een slimmer productieproces of een technisch verbeterd product kan kwalificeren. Voorwaarde is dat de onderneming het ontwikkelwerk zelf uitvoert en daarbij concrete technische knelpunten probeert op te lossen. Alleen een bestaande oplossing aanschaffen of functionele eisen formuleren is niet voldoende.

Samenwerking en duurzaamheid lonen

De mkb-innovatiestimulering Regio en Topsectoren, kortweg MIT-regeling, is een nationale en regionale subsidieregeling die innovatie bij het midden- en kleinbedrijf stimuleert om producten, processen of diensten te vernieuwen. Projecten moeten aansluiten bij de Nederlandse Topsectoren en de Kennis- en Innovatieagenda’s, de KIA’s. Voor gezamenlijke R&D-projecten van minimaal twee mkb-bedrijven biedt de MIT-regeling in 2026 een subsidie van 35% van de subsidiabele kosten. Kleine projecten kunnen maximaal €200.000 ontvangen en grote projecten maximaal €350.000. De voorstellen worden beoordeeld op technologische vernieuwing, economische waarde, kwaliteit van de samenwerking en maatschappelijke impact.

Voor duurzame innovaties die klaar zijn voor een pilot of demonstratie kan de DEI+ relevant zijn. DEI+ staat voor Demonstratie Energie- en Klimaatinnovatie. Het is een Nederlandse overheidssubsidie voor ondernemers die innovatieve technieken willen testen of demonstreren die CO₂-uitstoot verminderen, energie besparen of duurzame energie produceren. Deze regeling ondersteunt innovatieve technieken die de Nederlandse CO₂-uitstoot verminderen, maar nog technische of economische risico’s kennen.

Gaat het niet langer om ontwikkeling, maar om de aanschaf van bewezen duurzame technologie, kijk dan naar de EIA en MIA/Vamil. De Energie-investeringsaftrek (EIA) en Milieu-investeringsaftrek (MIA/Vamil) zijn aantrekkelijke fiscale regelingen waarmee ondernemers fiscale winst verlagen bij investeringen in duurzame bedrijfsmiddelen.k

De innovatiebox blijft ook voor het mkb

Voor kleinere belastingplichtigen gelden minder zware toegangseisen voor de innovatiebox dan voor grote ondernemingen. Daarbij wordt gekeken naar de gezamenlijke omzet en de voordelen uit innovatieve immateriële activa over meerdere jaren. Er bestaat bovendien een vereenvoudigde forfaitaire methode. Daarbij mag 25% van de winst aan de innovatiebox worden toegerekend, tot maximaal €25.000. Bij toepassing van het hoogste vennootschapsbelastingtarief kan dit ongeveer €4.200 belastingvoordeel opleveren. Het forfait mag worden gebruikt in het jaar waarin het innovatieve activum ontstaat en in de twee volgende jaren.

Volgens meerdere experts ligt het voor de hand om dit bedrag te verhogen, omdat het maximum nooit is aangepast. Een tweede mogelijkheid is een eenvoudige berekening op basis van het aandeel WBSO-uren binnen een bedrijf. Dat zou kostbaar vooroverleg met de Belastingdienst minder noodzakelijk maken. Een derde verbetering is dat ontwikkelingsverliezen sneller kunnen worden ingelopen, zodat jonge innovatieve bedrijven eerder van het lage tarief profiteren.

De innovatiebox beloont nu vooral bedrijven die al uitzonderlijk succesvol zijn. Voor het mkb ligt de grootste kans eerder in het traject: bij ontwikkelen, samenwerken, testen en investeren. Wie per projectfase de juiste regeling kiest, tijdig aanvraagt en een goede administratie voert, hoeft niet te wachten op een eerlijkere innovatiebox om vernieuwing betaalbaarder te maken.

Martine Peeters werkt bij Nextens fiscale software en schrijft over hoe fiscale zaken ondernemerschap beïnvloeden.